Στις αρχές του 21ου αιώνα ο Παναθηναϊκός έμεινε δύο φορές στην πόρτα των ευρωπαϊκών ημιτελικών.
2002: Champions League
Στη δεύτερη φάση ομίλων ο Παναθηναϊκός πέρασε και έφτασε στα προημιτελικά, όπου κέρδισε την Μπαρτσελόνα 1-0 στην Αθήνα. Στο Καμπ Νου οι Καταλανοί πήραν τη ρεβάνς και την πρόκριση, «για εκατοστά», όπως γράφτηκε τότε.
2003: Κύπελλο UEFA
Έναν χρόνο αργότερα, στα προημιτελικά του Κυπέλλου UEFA, ο Παναθηναϊκός κέρδισε 1-0 την Πόρτο στο Πόρτο με γκολ του Ολισαντέμπε. Στη ρεβάνς η ομάδα του Ζοσέ Μουρίνιο επικράτησε 0-2 στην παράταση, και στη συνέχεια κατέκτησε το τρόπαιο.
