Η κολύμβηση ξεκίνησε στον Παναθηναϊκό το 1925 και το πόλο ανδρών το 1928 (γυναικών το 1979). Το κολυμβητήριο κάτω από τις κερκίδες της Λεωφόρου, μια από τις καινοτομίες του γηπέδου, χρησίμευε και για την αποθεραπεία των ποδοσφαιριστών.
Από εκεί ξεκίνησαν γενιές κολυμβητών και πολιστών. Στις διακρίσεις ξεχωρίζουν τα δύο χρυσά μετάλλια της Ζωής Δημοσχάκη στο Πανευρωπαϊκό Πρωτάθλημα του 2001, ενώ η ομάδα πόλο ανδρών έφτασε στη φάση των 16 του Eurocup το 2012 και συνεχίζει σήμερα στην Α1 και στο Champions League.
